Козје стене

Природни резерва који се налази на западном делу планине Копаоник, на левој страни клисуре Самоковске реке изнад које се уздижу врло атрактивне стене по којима је резерват и добио назив. Обухвата површину од 431,98 hа којом је обухваћена клисура, читав гребен Козје стене, вис Кукавица и источне падине брда Јадовник. У оквиру површине овог резервата издваја се неколико специфичних целина. Кањонски део карактерише ендемична и реликтна флора (смрча, јела, врес и копаоничка љубичица) као и разноврсна и врло бројна фауна (сиви соко, орао змијар, осичар, балканска ушата шева).

Вучак

Природни резерват који се налази у северозападном делу парка, у пределу бањског Копаоника, на југозападној страни врха Вучак. Обухвата површину од 62,02 hа.
Основну вредност представља шумска заједница смрче и јеле која је нарочито интересантна јер јела даје одређени индикаторски значај а смрча расте изнад свог висинског појаса (1550–1750 метара). Концепт заштите односи се на очување заједнице у целини.

Мркоња

Природни резерват који се налази на левој долинској страни Гобељске реке испод локалитета Мркоња. Обухвата површину од 31,10 hа. Основну вредност представља регионална мешовита шума смрче, букве и јеле. То је реликтна шума, историјски најстарија у средњепланинском појасу Копаоника. Концепт заштите односи се на праћење природне сукцесије и очување природних вредности.

Јанкове баре

Налази се на око 1420 метара надморске висине у долини потока Речица. Обухвата површину од 103,82 hа. Основну вредност овог резервата представљају тресавске заједнице – осетљиви и ретки екосистеми којима обележје дају маховине рода Sphagnum, а уједно су и станишта ретких, ендемичних и реликтних биљних врста које су заштићене као природне реткости. Овај резерват је један од резервата диверзитета на Копаонику, посебно за представнике водоземаца и гмизаваца, али и за фауну птица и инсеката.

Гобеља

Налази се на Малој Гобељи, обухватајући изворишну челенку Гобељске реке и простире се од лучно извијеног гребена на линији: Оштри крш - Велика Гобеља – Мала Гобеља, до корита Гобељске реке. Обухвата површину од 138,64 hа. Основну вредност представља рефугијум изнад клисуре Гобељске реке, на чијим стрмим, оштрим стеновитим хрптовима расте рунолист, глацијални реликт, који је крајње угрожена врста у Србији.

Метође

Природни резерват који обухвата десну долинску страну Брзећке реке и кањон реке са околном шумом у којој се јавља тиса. Обухвата површину од 110,58 hа. У резервату се налази светилиште Метође, споменик сакралне архитектуре са прилазном стазом дужине 600 метара, као и гејзир хладне воде чији млаз достиже 5-6 метара висине.
У овом резервату се издваја шест фитоценолошки различитих смрчевих и букових заједница и низом других ретких и реликтних биљних врста. Врло су бројне шуме смрча и јела које се простиру до 1800 метара надморске висине. а стабла букве достижу 40 метара.

Барска река

Налази се на десној долинској страни Барске реке, у Равном Копаонику. Обухвата површину од 89,92 hа. Основну вредност даје богатство и разноврсност вегетације, која је орографски и хидролошки условљена. Карактеристично је и вертикално смењивање вегетације од смрчевих, буково-смрчевих, буково-јелово-смрчевих до чистих букових шума.

Самоковка река

Налази се на левој долинској страни Самоковске реке, између речног корита и гребена Високи део. Обухвата површину од 66,66 hа. Интересантан је податак по коме је ова река добила име још у доба Римљана који су овде копали руду. Сама река је, захваљујући стрмом паду, доста брза и јака, тако да је код копања руде ова вода сама издвајала злато и гвожђе из руде а потом својом снагом при обради метала сама и ковала.

Јеловарник

Обухвата површину од 57,14 hа. Основну вредност овом резервату даје истоимени водопад око којег се налазе природне полидоминантне шуме букве, букве и смрче, букве, смрче и планинског јавора.

Јелак

Резерват се налази на десној страни клисурасте долине Брзећке реке, на локалитету Панићки јелак. Обухвата површину од 59,17 hа.
Основну вредност овом резервату даје присуство тисе, ретке и реликтне биљне врсте, планинског јавора – ендемита и природне реткости као и мешовите шумске заједнице тисе и јеле. Подручје под најстрожијом заштитом обухватало би простор од речног корита на 1000 до 1490 метара надморске висине.

Суво рудиште

Налази се на североисточним падинама Сувог Рудишта, на делу падине која се пружа од Панчићевог врха према изворишном краку Брзећке реке, обухватајући локалитет Крчмар вода. Обухвата површину од 50,63 hа. Основне вредности овог резервата јесу регионалне заједнице боровнице, клеке и субалпске смрче, као и заједнице птица и матличасте власуље. Концепт заштите односи се на заштиту субалпијске жбунасте вегетације, изданских вода и на заштиту земљишта од ерозије.

Дубока

Резерват се налази на левој долинској страни реке Дубоке, пењући се од речног корита од 1020 до 1780 метара надморске висине. Обухвата површину од 97,33 hа.

Беле стене
Обухвата жљеб Беле Стене као и шуме које се спуштају све до ,,Метођа" и ,,Јелака" и заузима површину од 76,21 hа. Основне вредности овог резервата јесу биљне заједнице ливада, камењара, стена, шума, субалпијских жбунастих, високих зелени.

Небеске столице

На надморској висине од 1800 метара, непосредно испод Паначићевог врхa, највише географске тачке планине Копаоник, простире се археолошки локалитет Небеске столице. У народном предању ово место је названо црквина (црква).